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青海新聞網(wǎng)·大美青�？蛻舳擞� 11月12日，中國(guó)科學(xué)院西北高原生物研究所、青海大學(xué)科研人員聯(lián)合在《Nature》旗下綜合性科學(xué)期刊《Scientific Data》在線發(fā)表科學(xué)研究論文，揭示青藏高原旗艦物種、國(guó)家一級(jí)重點(diǎn)保護(hù)動(dòng)物藏羚高質(zhì)量的染色體水平基因組信息，這也是我國(guó)科研人員首次獲得藏羚染色體水平的高質(zhì)量基因組和注釋信息。
藏羚是世居青藏高原的典型反芻動(dòng)物，分布在海拔3250米至5500米高原地帶，屬偶蹄目牛科藏羚屬野生動(dòng)物，是藏羚屬唯一物種。19世紀(jì)中期至20世紀(jì)初，猖獗的非法盜獵使藏羚的種群數(shù)量下降了約90%，2000年被IUCN（世界自然保護(hù)聯(lián)盟）紅色瀕危物種名錄評(píng)估為瀕危物種。
經(jīng)過(guò)30多年的保護(hù)，藏羚的種群數(shù)量恢復(fù)到了30多萬(wàn)只。2016年，IUCN對(duì)藏羚評(píng)級(jí)也從瀕危降為近危。藏羚不僅是世界上分布海拔最高的反芻動(dòng)物之一，也是青藏高原唯一具有長(zhǎng)距離遷徙行為的物種，是研究高海拔適應(yīng)性機(jī)制和遷徙行為的良好模型。
然而迄今為止，公開數(shù)據(jù)庫(kù)中仍缺少藏羚高質(zhì)量的染色體水平基因組，嚴(yán)重限制了基于遺傳特征解析其物種適應(yīng)、進(jìn)化及種群生態(tài)相關(guān)工作的開展。
中國(guó)科學(xué)院西北高原生物研究所動(dòng)物生態(tài)與資源保護(hù)研究團(tuán)隊(duì)聯(lián)合青海大學(xué)，基于三種基因組測(cè)序技術(shù)，成功組裝了藏羚染色體級(jí)別的基因組。結(jié)果顯示，藏羚基因組組裝的連續(xù)性好，完整度和準(zhǔn)確性高。科學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，藏羚基因組重復(fù)序列主要由SINEs、LINEs、LTRs和DNA transposons四種類型組成，序列總長(zhǎng)度為1.65Gb，占基因組的52.47%。
科研人員基于蛋白同源預(yù)測(cè)、蛋白從頭預(yù)測(cè)和深度學(xué)習(xí)等多種策略，在藏羚基因組上共注釋到28330個(gè)功能基因，科研人員通過(guò)多種技術(shù)手段，首次獲得了藏羚染色體水平的高質(zhì)量基因組和注釋信息，為藏羚的適應(yīng)進(jìn)化遺傳機(jī)制、保護(hù)遺傳學(xué)研究及進(jìn)一步探索物種遷徙行為的遺傳機(jī)制提供了重要的基因組資源。